Ostatnim punktem programu wizyty papieża Benedykta XVI w Polsce była wizyta w byłym nazistowskim obozie Auschwitz-Birkenau. Komentatorzy ze szczególnym zainteresowaniem czekali na to wydarzenie. Jego wagę podkreślał fakt, że papież-Niemiec modlił się w miejscu, w którym niemieccy oprawcy wymordowali ok. miliona ludzi, przede wszystkim narodowości żydowskiej.

W Auschwitz papież przeszedł przez napisem bramę z "Arbeit macht frei" (Praca czyni wolnym), jednym z najbardziej znanych w świecie symboli hitlerowskiego ludobójstwa. Następnie przywitał się osobiście z 32 byłymi więźniami obozu różnych narodowości. Wśród kilku miejsc, które odwiedził, była m.in. cela w Bloku 11, gdzie zginął Maksymilian Kolbe.

W Birkenau papież modlił się po niemiecku, zwracając uwagę agencji informacyjnych na wybór w tym właśnie miejscu języka, którego unikał podczas wizyty w Polsce. Prócz Benedykta XVI modlili się również przedstawiciele Żydów i innych wyznań chrzescijańskich. - Mówić w miejscu bezprecedensowych masowych zbrodni przeciw Bogu i człowiekowi jest niemal niemożliwe - rozpoczął papież swe kilkunastominutowe wystąpienie w języku włoskim. - To szczególnie trudne dla chrześcijanina, papieża z Niemiec - powiedział Benedykt XVI.

Zwierzchnik Kościoła katolickiego postawił pytania o to, gdzie w tamtach czasach był Bóg, dlaczego milczał, jak mógł pozwolić na taki "tryumf zła?". Wzywał wiernych, by wołali do Boga, aby nie zapominał o człowieku, "którego stworzył". Przestrzegał przed współczesnymi zagrożeniami dla świata: przemocą czynioną w imię Boga oraz "bezbożnym cynizmem". - Wołamy do Boga, aby pomógł ludziom opamiętać się i zrozumieć, że przemoc nie buduje pokoju, ale rodzi tylko dalszą przemoc - potęgujące się zniszczenie, które sprawia, że w ostatecznym rozrachunku przegrywają wszyscy - powiedział Benedykt XVI.

W wystąpieniu papieża kilkakrotnie pojawił się motyw narodowościowy. - Jestem tu jako syn narodu niemieckiego, nad którym grupa zbrodniarzy zdobyła władzę przez zwodnicze obietnice wielkości, przywrócenia honoru i znaczenia, roztaczając perspektywy dobrobytu, ale też stosując terror i zastraszenie, by posłużyć się nim jako narzędziem swojej żądzy zniszczenia i panowania - mówił Benedykt XVI.

Przypominając tablice poświęcone pamięci ofiar różnych narodowości, papież podkreślał, że III Rzesza planowała całkowitą zagładę narodu żydowskiego. - Unicestwiając go bezwzględni zbrodniarze zamierzali zabić Boga - powiedział. Zwrócił też uwagę na martyrologię Polaków, Rosjan, Romów i innych nacji. Mówiąc o żołnierzach rosyjskich, zaznaczył: "rodzi się tu refleksja nad tragizmem ich misji: wyzwalając narody spod jednej dyktatury, musieli służyć nowej dyktaturze - dyktaturze Stalina i ideologii komunistycznej, która narzucała tym narodom swoją władzę".

Benedykt XVI przypomniał też Niemców, którzy zostali wysłani do Auschwitz. Mówił o Edycie Stein, niemieckiej Żydówce, która przyjęła religię chrześcijańską, a "zgodziła się umrzeć razem ze swym narodem i za niego". Podkreślał również, że Niemcy skazani na pobyt w obozie uważani byli za wyrzutków społeczeństwa. - Dziś wspominamy ich z wdzięcznością jako świadków prawdy i dobra - powiedział.

Papież podziękował za rozmaite inicjatywy na rzecz "oczyszczenie pamięci" podejmowane w Oświęcimiu. Wymienił katolickie Centrum Dialogu i Modlitwy, działalność sióstr karmelitanek, franciszkańskie Centrum im. św. Maksymiliana w Harmężach, oświęcimskie Centrum Żydowskie i Międzynarodowy Dom Spotkań Młodzieży, polsko-niemiecką instytucję pozarządową. Wspomniał również o planowanej w Oświęcimiu Akademii Praw Człowieka.

Papież prosił o łaskę pojednania "przede wszystkim Boga, bo tylko On może otworzyć i oczyścić ludzkie serca". Liczni obserwatorzy - w tym wielu polskich komentatorów, ale także np. wysłanniczka włoskiej agencji ANSA - podkreślali, że podczas jego wystąpienia na niebie ponad dawnymi krematoriami pojawiła się tęcza, "biblijny symbol pokoju i pojednania, zapowiedź światła, które rozpędza mroki zła".

Kończąc papież stwierdził, że w Auschwitz-Birkenau ludzkość przeszła przez "ciemną dolinę", i przywołał biblijny psalm: "Pan jest moim pasterzem, nie brak mi niczego. Pozwala mi leżeć na zielonych pastwiskach. (...) Chociażbym przechodził przez ciemną dolinę zła się nie ulęknę, bo Ty jesteś ze mną. (...) Zamieszkam w domu Pańskim po najdłuższe czasy." (Ps 23, 1-4. 6).

W uroczystościach na terenie obozu uczestniczyli przedstawiciele polskich władz, m.in. prezydent Lech Kaczyński, premier Kazimierz Ujazdowski oraz bojkotowany przez władze Izraela wicepremier i minister edukacji Roman Giertych z LPR. Obecni byli także hierarchowie Kościoła katolickiego w Polsce, w tym prymas Józef Glemp i arcybiskup Stanisław Gądecki, zajmujący się w Episkopacie stosunkami chrześcijańśko-żydowskimi.