Podczas kongresu odbyła się burzliwa dyskusja na temat ewentualnego startu w wyborach prezydenckich redaktora naczelnego Faktów i Mitów Romana Kotlińskiego. W jawnym głosowaniu zdecydowana większość delegatów poparła kandydaturę Kotlińskiego. Odmienne stanowisko zajęła młodzieżówka APP Racja, która zadeklarowała, że w wyborach prezydenckich powinien wystartować jeden kandydat Unii Lewicy. Przewodniczący partii Piotr Musiał w głosowaniu wstrzymał się od głosu. Sam Kotliński, pomimo poparcia, jakie otrzymał, oświadczył, że nie jest jeszcze zdecydowany na udział w wyborach.
Drugą kwestią, która wzbudziła wiele kontrowersji, były popierane przez Musiała zmiany w statucie ugrupowania, które umożliwiłyby udział członków APP Racja w innej partii lub koalicji partyjnej. Z dyskusji jasno wynikało, że przedmiotem sporu był ewentualny sojusz Racji z Unią Lewicy w wyborach parlamentarnych. Mimo ostrych protestów niektórych delegatów, wniosek umożliwiający start APP Racja w ramach UL-u został przegłosowany.
Na kongresie głosowano też nad wotum zaufania wobec zarządu ugrupowania. Piotr Musiał uzyskał poparcie delegatów i nadal będzie kierował partią.
Delegaci na Kongres Antyklerykalnej Partii Postępu "Racja" przyjęli także szereg stanowisk w sprawie przyszłości politycznej partii oraz bieżących problemów krajowych.
Kongres APP "Racja" opowiedział się za kontynuowaniem udziału partii w inicjatywie Unii Lewicy. Deklaracja Unii Lewicy zawiera fundamentalne dla APP „Racja” idee, jak respektowanie konstytucyjnych przepisów o neutralności światopoglądowej państwa, przestrzeganie rozdziału kościołów od państwa, likwidacja finansowych przywilejów kościołów i związków wyznaniowych, wyprowadzenie nauczania religii ze szkół publicznych, jak również prezentuje nieugiętą postawę wobec nacisków kościoła katolickiego w sprawach światopoglądowych. Podobnie zawarte w Deklaracji postulaty ekonomiczne i społeczne są tożsame z Programem APP „Racja” - czytamy w stanowisku. Działacze "Racji" postulują przekształcenie Unii Lewicy w partię polityczną oraz jej start w wyborach parlamentarnych i prezydenckich. Zdaniem uczestników Kongresu Unia Lewicy powinna oprzeć swój program na tezach zawartych w Deklaracji oraz idei, że państwo powinno spełniać służebną rolę wobec człowieka, a nie odwrotnie.
Przewodniczący Antyklerykalnej Partii Postępu "Racja" Piotr Musiał w wypowiedzi dla lewica.pl stwierdził: "Według mnie UL powinna przekształcić się w partię polityczną, która mogłaby przyjmować również członków innych partii. Dzięki temu możliwe byłoby stworzenie znaczącej alternatywy dla SLD przy jednoczesnym zachowaniu autonomii partii macierzystych poszczególnych członków. Ponieważ cele polityczne i wola realizacji założeń programowych są zbliżone, ta różnorodność nie będzie stanowić zarzewia konfliktów a wręcz przeciwnie – główną siłę napędową UL." Musiał opowiada się za samodzielnym startem Unii Lewicy w wyborach parlamentarnych, wobec czego z zaskoczeniem odbiera sobotnie stanowisko Rady Krajowej Unii Pracy. APP „Racja” obrała na Kongresie kierunek na stworzenie silnej i alternatywnej dla SLD formacji. Nie zrezygnujemy ze swoich postulatów światopoglądowych i ekonomicznych, a dzięki uczestnictwu w Unii Lewicy widzimy realną szansę na ich wprowadzenie w życie - podkreślił przewodniczący "Racji".
Kongres APP "Racja" zaproponował także stworzenie nowego mechanizmu prawnego jakim byłaby "odpowiedzialność za kłamstwo wyborcze". Każdy przedstawiciel społeczeństwa zajmujący stanowisko pochodzące z wyboru, mógłby zostać z niego usunięty w czasie trwania kadencji, jeżeli sprzeniewierzy się swoim wyborcom, poprzez nie realizowanie składanych obietnic, lub zmianę przynależności partyjnej - czytamy w stanowisku delegatów Kongresu APP "Racja". Działacze partii wierzą, że stworzenie takich mechanizmów skutecznie zapobiegłoby dalszemu obniżaniu się udziału społeczeństwa w życiu politycznym kraju.
Antyklerykalna Partia Postępu "Racja" wyraziła także swoje pełne poparcie dla projektu ustawy o eutanazji autorstwa, goszczącej na Kongresie, profesor Marii Szyszkowskiej. Działacze "Racji" zarzucili liderom SLD brak odwagi do rozpoczęcia debaty publicznej w kwestii dopuszczalności eutanazji mimo, iż od złożenia projektu ustawy na ręce przewodniczącego klubu parlamentarnego SLD minęły już 4 miesiące. Oburzającym jest fakt uzurpowania sobie decydowania o czyimś cierpieniu i życiu przez ludzi kierujących się często głównie własnymi przekonaniami religijnymi. APP "Racja" w całej rozciągłości popiera projekt powyższej ustawy o eutanazji, gdyż jest ona humanitarna i oczekiwana przez wielu nieuleczalnie chorych - czytamy w stanowisku delegatów na Kongres.
Kongres Antyklerykalnej Partii Postępu "Racja" przyjął także stanowisko wyrażające poparcie dla ruchu alterglobalistycznego oraz postulat wyprowadzenia ze szkół nauki przedmiotu "religia" i zastąpienie go "pakietem humanistycznym", który obejmowałby naukę filozofii, etyki i religioznawstwa. Zdaniem delegatów taka reforma programu nauczania pozwoliłaby nauczać w szkołach także takich wartości jak tolerancja i poszanowanie dla drugiego człowieka, pomagałaby młodemu człowiekowi w dokonaniu świadomego wyboru wyznawanej religii i światopoglądu oraz rozszerzałaby zdolności poznawcze.