Po wejściu w życie nowych rozwiązań, wszystkie sprawy związane z roszczeniami Kościoła o zwrot majątku byłyby rozpatrywane na zwykłych zasadach, na drodze sądowej. Podmioty kościelne, państwowe, samorządowe czy prywatne, będące uczestnikami postępowań prowadzonych dotychczas na podstawie przepisów o Komisji Majątkowej w sprawach, w których nie zapadło jeszcze orzeczenie Komisji, miałyby sześć miesięcy na wystąpienie o podjęcie zawieszonego postępowania sądowego, a jeżeli nie było ono wszczęte - na wystąpienie do sądu o zasądzenie roszczenia.
Rządowo-kościelna Komisja Majątkowa została powołana przez gabinet premiera Mieczysława Rakowskiego (Polska Zjednoczona Partia Robotnicza), celem zwrotu podmiotom kościelnym tych ziem, które zostały znacjonalizowane w okresie powojennym z naruszeniem litery ówczesnych przepisów. Tok procedowania Komisji - przez większość ponad 20-letniego okresu jej działalności - był tajny, stronom zainteresowanym (zwykle samorządom) nie przysługiwały również odwołania od jej decyzji.
Wykaz nieruchomości przekazanych Kościołowi przez państwo w zamian za majątek bezprawnie zagarnięty w czasach PRL liczy kilka tysięcy pozycji, w tym aż 490 zabudowanych - szacowanych na ponad 60 tys. hektarów. Ich wartość to, według oficjalnych informacji Komisji, 24 mld zł (nieoficjalnie jest ona szacowana na ponad 100 mld zł). Oprócz tego Kościołowi wypłacono rekompensaty i odszkodowania w sumie na kwotę 107,5 mln zł. Kościół przejął łącznie 490 nieruchomości, w tym 19 szpitali, osiem domów dziecka, 26 szkół, dziewięć przedszkoli, trzy muzea, dwa teatry, dwie biblioteki, budynki archiwum, prokuratury, sądu, izby skarbowej, operetki, dworzec PKS, a nawet browar.
Komisja Majątkowa od lat budziła liczne kontrowersje. Komisji zarzucano przekazywanie Kościołowi ziem mu nienależnych, często o nieoficjalnie zaniżonej wycenie, a następnie zbywanie ich - również przy zaniżonej wycenie - na rzecz biznesmanów związanych ze środowiskami kościelnymi. W toku tych operacji stratne miały być głównie samorządy oraz skarb państwa. We wrześniu sąd w Gliwicach aresztował pełnomocnika podmiotów kościelnych w Komisji Majątkowej Marka P., w konsekwencji prowadzonej wobec niego akcji Centralnego Biura Antykorupcyjnego. Prokuratura postawiła mu cztery zarzuty: jeden dotyczy korumpowania osoby pełniącej funkcję publiczną w Komisji, trzy pozostałe - oszustwa na szkodę dwóch osób fizycznych i jednej instytucji na łączną sumę ok. 10 mln zł.
W styczniu 2009 r. 50 posłów Sojuszu Lewicy Demokratycznej, Socjaldemokracji Polskiej i Stronnictwa Demokratycznego razem z posłem Januszem Palikotem (wówczas Platforma Obywatelska), złożyło skargę do Trybunału Konstytucyjnego na bezapelacyjny tok procedowania Komisji Majątkowej, sprzeczny z generalną zasadą dwuinstancyjności obowiązującą na mocy nowej Konstytucji RP z kwietnia 1997 r.
Kwestia działalności Komisji jest podnoszona szczególnie często w trakcie trwającej kampanii wyborczej przez świętokrzyskiego posła SLD Sławomira Kopycińskiego. Po aresztowaniu Marka P., poseł złożył wniosek do prokuratury o zbadanie wszystkich dotychczasowych decyzji Komisji pod kątem ich legalności i transparentności. Wydział przestępczości zorganizowanej i korupcji Prokuratury Apelacyjnej w Warszawie wszczął w październiku postępowanie sprawdzające w tej sprawie.
Nieoficjalnie wiadomo, że zaproponowana przez rząd nowelizacja ustawy o stosunkach państwo – Kościół, a w tym natychmiastowy tryb likwidacji Komisji Majątkowej od 1 stycznia 2011 r., jest podyktowana zamiarem uniknięcia kompleksowego rozliczenia decyzji Komisji pod kątem ich legalności. Najprawdopodobniej zarówno stronie rządowej, jak i kościelnej zależy na likwidacji Komisji przed rozpatrzeniem skargi konstytucyjnej przez Trybunał Konstytucyjny (ten nie wyznaczył jeszcze daty swojego posiedzenia w rzeczonej sprawie). Wyrok niekorzystny dla Komisji bądź też wyrok korzystny, ale zaskarżony później do Europejskiego Trybunału Praw Człowieka w Strasburgu - mógłby pociągnąć za sobą falę pozwów o zwroty ziem lub odszkodowania za nie. Jeżeli jednak Trybunał Konstytucyjny nie zajmie się sprawą przed likwidacją Komisji, poprzednim właścicielom ziem starającym się o podważenie jej decyzji - pozostanie możliwość wnoszenia skarg sądowych dotyczących ew. działań korupcyjnych czy zaniżonych wycen.
Rzecznik Konferencji Episkopatu Polski ks. Józef Kloch potwierdził, że nowelizacja ustawy o stosunkach państwo-Kościół została uzgodniona z biskupami i, w obecnym kształcie, spełnia ich oczekiwania. Jego zdaniem, strona kościelna od dawna postulowała zakończenie prac Komisji. Szkoda, że prace trwały tak długo, ale z drugiej strony prace komisji przynajmniej częściowo zadośćuczyniły za zagrabione dobra, które przecież niegdyś służyły utrzymywaniu między innymi sierocińców, szpitali czy przytulisk dla bezdomnych - powiedział ksiądz Kloch.
Zarówno strona kościelna, jak strona rządowa uznały, że Komisja wyczerpała swoje możliwości działania. Ten projekt jest przypieczętowaniem tych ustaleń - podsumowała rzeczniczka MSWiA, Małgorzata Woźniak.
Joanna Darkiewicz